Kill la Kill spielt an der Honnouji Academy, einer fiktiven Highschool in der Bucht von Tokio in Japan, die von ihrem furchterregenden Schülerrat unter der Leitung von Satsuki Kiryuin dominiert wird. Die Ratsmitglieder tragen spezielle Uniformen, sogenannte Goku-Uniformen, die ihnen übermenschliche Fähigkeiten verleihen, mit denen sie die übrigen Schüler und Mitarbeiter der Schule unterdrücken. Ryuko Matoi, eine Schülerin, die die Hälfte eines scherenförmigen Langschwerts schwingt, wechselt an die Honnouji Academy, um den Besitzer der anderen Hälfte der Scherenklinge zu suchen, die Person, die ihren Vater Isshin Matoi getötet hat. Nachdem sie Satsuki über die Identität und den Aufenthaltsort des Mörders verhört hat, wird Ryuko vom Rat besiegt und stößt auf eine empfindungsfähige Matrosenuniform, die sie Senketsu nennt und die sich auf Ryuko einlässt. Mit Senketsus besonderen Fähigkeiten stellt sich Ryuko gegen Satsuki und ihre Handlanger, die Elite Four, um die Honnouji Academy aus ihrem eisernen Griff zu befreien und das Geheimnis des Mordes an ihrem Vater zu lösen. Sie freundet sich mit ihrer Kommilitonin Mako Mankanshoku an und lebt mit ihrer Familie in den Slums rund um die Akademie.